Die Besiedlung des Gebietes ist schon seit der Altsteinzeit durch den Fund der weltberühmten „Venus von Willendorf“ und durch weitere Funde und Lagerstätten der Steinzeitjäger belegt. Die Venus wurde beim Eisenbahnbau am 7. Aug. 1908 in Anwesenheit der Wissenschaftler Szombathly, Bayer und Obermaier im Löß gefunden. Der Fund war eine wissenschaftliche Sensation und das eiszeitliche Kunstwerk wurde weit über die Grenzen Niederösterreichs und der engeren Fachwelt bekannt und weltberühmt. Die „11 cm hohe, vorzüglich erhaltene Kalksteinfigur mit großen Brüsten und vollen Hüften, das Kopfhaar in konzentrischen Kreisen geflochten, die Unterarme ziert je ein grobzackiger Gelenkring“, wie sie die Wissenschaftler beschreiben, wurde im Gravettium (28.000 bis 22.000 Jahre vor heute) geschaffen. Sie ist unbestritten die formschönste und eine der ältesten von immerhin 130 zwischen Südwestfrankreich, Norditalien, Mitteleuropa und Sibirien gefundenen spezifischen Skulpturen. Die Statuette ist als Ausdruck eines Fruchtbarkeitskultes bzw. als Symbol der „Magna Mater“, der „großen Erdmutter“ aufzufassen.
Nachdem Kaiser Karl der Große 791 die Awaren besiegt hatte, gab er auf Anraten seines Schwagers Gerolos 40 Bauerngüter an das bayrische Benediktinerkloster Niederaltaich zur Kolonialisierung und Christianisierung. Die Urkunde, die darüber ausgestellt worden sein soll, scheint das Kloster aber wegen der damaligen Unruhen und kriegerischen Zeiten nicht erhalten zu haben. Jahre später bat der Reichskanzler Abt Gosbalt seinen Kaiser Ludwig die Schenkung dessen Vaters Karl den Großen zu bestätigen. Kaiser Ludwig der Fromme erfüllte diese Bitte und bestätigte die Schenkung mit dem Diplom vom 6. Oktober 830. Darin findet sich die erste urkundliche Erwähnung von „ACUSSABAH, dem heutigen Aggsbach. Der Besitz „locus Wahowa“ wird genau beschrieben als das Gebiet von Spitz über Schwallenbach, „Acussabah“ weiter bis zum Gipfel des Berges „Akornica“ (Jauerling) und dazu noch am rechten Donauufer einen Teil des Aggsbach-Tales (Aggsbach Dorf).
Die Kloster- und Pfarrherrschaft (Probstei) Niederaltaich in Spitz hatte Bestand bis 1803. Dieser Besitz hat im Hochmittelalter zu Sonderentwicklungen Anlaß gegeben, die als eigentümliche Exterritorialität dieses unter bayrischer Verwaltung stehenden Gebietes ihren Ausdruck fand. Die Sonderstellung der Kuenringer in der Wachau im 13. Jahrhundert beruht nicht zuletzt auf diesen Verhältnissen.
Der Name „Acussabah“ leitet sich wahrscheinlich aus den althochdeutschen Wörtern „Accus-Aha-Pagus“ ab. „Accus“ bedeutet Axt, aber auch Richtbeil im Sinne von Gerechtigkeit, „Aha“ Ache, Wasserlauf und „Pac-Pah-Bah“ abgeleitet vom lateinische „Pagus“, soviel wie Gau im Sinne einer Gebietsverwaltung der Siedler. Aber auch im keltischen Wort „Achis“ = fließendes Wasser könnte der Namensursprung liegen.
1447 erfolgte die Markterhebung, die Urkunde wurde Opfer einer großen Feuersbrunst am 12. April 1866. Fischerei, Ruderschiffahrt und Handel brachten den damaligen Bewohnern bescheidenen Wohlstand.
Eine Kirche wird 1148 erstmals urkundlich erwähnt. Die für die Wachau typische spätromanische dreischiffige Pfeilerbasilika wurde 1286 bis 1300 erbaut und ist Mariä Himmelfahrt (15. August) geweiht. Nach dem Hussiteneinfall 1425 erneuert, wurde sie 1620 von den Schweden niedergebrannt und 1779 teilweise barockisiert. 1638 wurde Aggsbach Markt eine eigene Pfarre, bis 1810 kommen als Pfarrer Patres vom Stift Niederaltaich, danach Weltpriester. Der Pfarrhof wurde 1725 bis 1728 als Barockbau vom bekannten Baumeister Jakob Prandtauer errichtet.
1670 trat Philipp Jakob Zopf als erster Lehrer in Aggsbach Markt seinen Dienst an, ab 1861 existiert eine Schulchronik. Darin sind auch Anmerkungen über andere Ereignisse enthalten:
1. Jänner 1871 Errichtung einer Briefpoststation
Jänner 1880 Eisstoß auf der Donau von Wien bis Hollenburg
12. Sept. 1893 Gründung einer Feuerwehr mit Obmann Carl Weiss
Sept. 1900 Bau einer Wasserleitung
22. Nov. 1922 erstmals elektrisches Licht
Beim Eisenbahnbau wurde 1908 die „Venus von Willendorf“ gefunden, 1957 bis 1959 wurde die Bundesstraße B 3 errichtet. Während bis in die Nachkriegszeit die meisten Bewohner als Kleinbauern oder in kleinen Handwerksbetrieben, Geschäften und Gasthäusern ihren Lebensunterhalt verdienen konnten, muß heute der überwiegende Teil der Berufstätigen auspendeln.
Das Gemeindegebiet erstreckt sich im Donautal am Fuße des Jauerlings auf einer Fläche von 13,72 km2 und liegt in einer Seehöhe von 209 bis 507 m. Zirka 700 Wachauer leben in der KG Aggsbach Markt mit dem Hubhof, Schleinkhof und der Rotte Seeb und in den KGs Groisbach, Köfering (samt Rosenmühle) und Willendorf, weitere 200 haben hier ihren Zweitwohnsitz. Gemeindearzt mit Hausapotheke, Kaufhaus sowie Bahnhof und Bushaltestelle stehen an Infrastruktur zur Verfügung. Zwei Gasthäuser und zwei Imbißstuben erwarten neben 17 privaten Zimmervermietern mit 140 Betten die Gäste. Direkt an der Donau ist ein Wohnmobilstellplatz. Bei 2 Weinhauern können deren köstliche Produkte direkt während des Heurigenbetriebes verkostet oder ganzjährig bezogen werden.
Aggsbach bietet viele Wandermöglichkeiten. Der Treppelweg entlang der Donau bietet sich für kleiner Spaziergänge an, markierte Wanderwege führen durch das Gemeindegebiet bis hinauf zum 960 m hohen Jauerling. Daneben gibt es einen Beachvolleyballplatz mit Flutlicht, Fischereimöglichkeiten an der Donau, den Donauradweg und eine Bogensportanlage. Der Hubhof, ein alter Wehrbau, wurde zum Erlebnispark für die ganze Familie ausgebaut. Märchenlehrpfad, Tiergehege mit Streichelzoo, Dinosaurierfreilichtmuseum, Sommerrodelbahn, Geisterschloß, Flugzeug und weitere Spielplätze sorgen für Unterhaltung und Spaß.
Die Fundstelle der „Venus von Willendorf“ wurde zugänglich gemacht und eine 130fach vergrößerte Nachbildung der Venus aufgestellt. Die freigelegten Erdschichten verdeutlichen die Entstehungsgeschichte der letzten 30.000 Jahre. Das Venusmuseum in Willendorf zeigt viele Fundstücke und bringt den Besuchern die Lebensweise, Ernährung und die Umwelt der Steinzeitmenschen näher. Die originalgetreuen Venusnachbildungen können neben weiteren Souvenirs für eine bleibende Erinnerung sorgen.
Die Blüte der hier in großer Zahl vorhandenen Marillenbäume ist eine herausragende Attraktion. Die Nachfrage nach den Marillen übersteigt alljährlich die vorhandenen Mengen da nur hier die Früchte mit dem besonderen Aroma gedeihen. Frisch gepflückt wird das begehrte Obst direkt vom Garten verkauft. Aber auch in veredelter Form kann die Marille Genuß bereiten. Der Wachauer Marillenschnaps ist nicht grundlos ein besonderes Markenzeichen mit Bekanntheit weit über die regionalen Grenzen hinaus. Viele Hausfrauen verstehen sich auch auf die Zubereitung von köstlichen Marillenknödeln, Marmelade oder Kuchen. Nach den Marillen reifen bei den Pfirsichen die hier häufige Sorte der Weingartenpfirsiche mit einzigartigem Geschmack genauso wie Äpfel, Birnen und sonstiges Obst.